Cela fait déjà environs 2 ans que Sasuke est parti avec Orochimaru et que Naruto à rejoind Jiraya. Sakura elle est entraînée par la nouvelle Hokage Tsunade.
Quand Naruto et Sakura décide de partir chercher Sasuke, un nouveaux viens se joindre à eux Sei.
A son arrivé, Sei était un espoin chargé de tuer Sasuke, mais il finira par suivre Naruto et Sakura pour les aidés à faire revenir celui-ci.
De nouveaux personnages font leur apparaition. Pour les héros de Naruto, des changements sont à noter!